エラー時のApacheバージョン出力はデフォルトの設定では有効になっていますので、
これを無効にするだけでもずいぶんとハッキングされる確率が減ります。
Debianなら、/etc/apache2/apache2.confの以下を変更することで設定可能です。
1 2 3 4 5 | # ServerTokens Full ServerTokens Prod # ServerSignature On ServerSignature Off |
その後当然ですが、「/etc/init.d/apache2 restart」でapacheの再起動を お忘れ無く。